BOOST_FOREACHはつかったことがないんだけども、 ループ変数の定義の中にコンマが含まれていると、マクロの引数の区切りのコンマと間違えられてエラーになるということがあるらしい。 Pitfallsにあるtypedefする方法と外部で定義する方法以外にこんなのはどうか。 
#include <map>
#include <boost/foreach.hpp>
#include <iostream>
int
main()
{
    std::map<int, int> m;
    m[1]=1;
    m[2]=4;
    m[3]=9;
#if 0
    BOOST_FOREACH(std::map<int, int>::value_type const& iter, m)
    {
        std::cout<<iter.second<<std::endl;
    }
#endif
#define THRU(X,...) X,__VA_ARGS__
    BOOST_FOREACH(THRU(std::map<int, int>::value_type const& iter), m)
    {
        std::cout<<iter.second<<std::endl;
    }
    BOOST_FOREACH(auto iter, m)
    {
        std::cout<<iter.second<<std::endl;
    }
    return 0;
}
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#C++