Puttyの場合

  • 設定ウィンドウの[ウィンドウ]→[外観]→[フォントの設定]
    • →[端末ウィンドウで使われるフォント]→RictyDiminished
    • →[フォントの品質]→[アンチエイリアス]

Emacsの場合

  • runemacs.exe→[右ボタン]→[プロパティ]→[互換性]→[設定]→[高DPI設定では画面のスケーリングを無効にする]
  • ~/.emacs.d/init.el
    • (set-default-font "Ricty Diminished-12:antialias=standard")
2016-10-18追記

これだけだとEmacsで日本語フォントがきれいにレンダリングされていなかったのでMacTypeを入れる必要があった。PuttyはMacTypeなしでもきれいに表示されるのになぜだろう。